微生物的应用范围非常广泛，在医药、农业、食品以及各类工业化学品中承担着重要职责。然而并非所有微生物都对人类有益，部分微生物的存在可引起多种应变性疾病和传染性疾病，会对人身体健康产生不良的影响，还会使产品或原料腐烂及变质。

微生物检测是多类产品卫生质量监测必不可少的组成部分，如于环境方面，微生物检测可以明确环境中的微生物，确认如水质、空气等是否符合环境标准；于食品方面，微生物检测可以明确食物微生物指标是否合格，若不合规，由哪项微生物超标，更可以在发生食品安全问题后检测问题所在；于医疗方面，微生物检测可以明确患者感染微生物类型，医生可以选择敏感抗生素，从而有效控制感染。通过微生物检测对产品卫生质量严格把关，明确微生物的种类和含量，可以判断产品加工环境，及产品被微生物污染的程度作出正确的评价，为各项卫生管理工作提供科学依据，提供传染病或食物中毒的预防措施，是保障人体健康与产品顺利流通的关键。