电子显微镜（EM）技术通过原子级至纳米级的高分辨率成像，已成为多肽药物研发的核心工具。在药物设计阶段，冷冻电镜（Cryo-EM）可解析多肽与靶蛋白（如GLP-1R受体）的原子分辨率结构，揭示药物分子的作用原理，高效分子的优化设计。冷冻电镜可以表征自组装多肽纳米管、纳米纤维则能表征自组装多肽纳米纤维、纳米管的形貌，利用单颗粒技术技术重构纳米纤维管3D高分辨结构。 在制剂研发中, 透射电镜（TEM）直观表征纳米药物载体（如脂质体、聚合物颗粒）的形貌，包封率等，指导递送系统优化。双束电镜（FIB）扫描电镜（SEM）通过表面形貌，孔隙率等指标分析，及API分部评估药物颗粒的均匀性及稳定性。