一、微生物基因组完成图测序陆续进入食品、饲料等相关法规与指南要求

2021年12月，国际乳品联合会发布《IDF公报No.513/2021 益生菌菌株水平鉴定指导文件》，其中指出“对于多数益生菌，需要结合短读长与长读长两种测序技术获取具有良好覆盖度、较少contig数量的基因组，以适于开展下游的安全性评价等生物信息学分析（如是否存在与抗生素耐药性、毒力或致病性相关的基因）。”

2021年11月，农业农村部发布实施《直接饲喂微生物和发酵制品生产菌株鉴定及其安全性评价指南》，规定“采用二代和三代测序技术对直接饲喂微生物和发酵制品生产菌株进行全基因组测序，获得其基因组完成图”，进行菌株鉴定及安全性评价。

2021年2月，食品安全国家标准审评委员会发布《食品安全国家标准食品用菌种安全性评价程序（征求意见稿）》，规定“对拟评价的菌株进行下一代（next generation sequencing）和第三代（third generation sequence）全基因组测序，分别获得其基因组框架图和完成图”来进行菌株安全性评价。

2020年10月，国家市场监管总局发布实施《保健食品原料用菌种安全性检验与评价技术指导原则（2020 年版）》，规定“对拟评价菌株进行全基因组测序，分别获得其基因组完成图和框架图” ，展开验证与评价。

越来越多的法规与指南要求开展基因组完成图测序分析：

原因：基因组完成图为一条完整的基因组序列，可覆盖生物体完整的基因组区域，所包含的遗传信息更全面更准确，相比框架图、精细图不存在gap，没有基因序列的缺失，避免了因缺少部分基因序列引起的菌种鉴定、溯源分型结果的潜在偏差；同时由于不存在任何基因的遗漏，在开展菌种安全性评价（如耐药基因与毒力基因检测）和功能基因挖掘等分析时，结果更可靠。

二、全基因组完成图测序技术：序列完整性更高、遗传信息更全面

l兼顾二代和三代测序技术碱基准确性高、测序读长长的优势，可一次性获得完整、准确的细菌基因组图谱，同时获得质粒基因组信息。

l与框架图相比，基于基因组完成图序列所开展的分析避免了由于部分基因序列缺失所引起的菌种鉴定与分型结果不准确、序列比对时遗漏部分关键基因的潜在风险，在菌种精准鉴定、分型溯源、基因安全性评价及功能基因挖掘等研究中结果准确性更高。

截止2022年9月，公共数据库中已测序的细菌全基因组近44万个，其中完成图基因组31346个，约占7.18%。大肠杆菌（Escherichia coli）、乳杆菌（Lactobacillus sp.）、双歧杆菌（Bifidobacterium sp.）、芽胞杆菌（Bacillus sp.）、肠球菌（Enterococcus sp.）等常见工业用微生物菌种已开展基因组完成图测序，为工业用微生物菌种鉴定溯源与特征评价研究提供了丰富的数据资源。

中国工业微生物菌种保藏管理中心（CICC）作为国内最大规模的微生物菌种保藏管理、鉴定评价和进口的专业机构，长期从事微生物菌种鉴定与评价工作。CICC建立了较完善的微生物完成图测序分析技术平台，运行稳定，周期短。目前已面向广大食品、饲料、药品、化妆品等工业企业、检测机构、高校及科研单位提供基于二代和三代测序技术的微生物完成图测序、菌种鉴定、分型溯源、耐药性与毒力基因分析、功能基因挖掘等服务。