生物毒素检测由中心的兽药残留实验室和免疫实验室共同承担。免疫实验室主要开展生物毒素的初筛，兽药残留实验室则利用大型仪器进行检测和确认。兽药残留实验室主要涉及的样品种类有植物源类食品（粮谷及其制品、水果及其制品）、动物源性食品（水产品、乳及乳制品、畜禽肉等）、饲料等。

检测项目主要有：黄曲霉毒素B族、G族和M族、脱氧雪腐镰刀菌烯醇及其衍生物和代谢物、玉米赤霉烯酮及其代谢物、展青霉素、赭曲霉毒素、伏马毒素、河豚毒素、贝类毒素等。

中国检验检疫科学研究院综合检测中心（以下简称：中心）成立于2010年，是由中编办国家事业单位登记管理局批准，中国检验检疫科学研究院举办的事业单位，也是一家集检测、培训、注册备案等服务为一体的第三方检测机构。

依托雄厚的科研实力和丰富的实验室管理经验，中心检测业务范围涵盖食品及食品添加剂、饲料及饲料添加剂、环境、轻纺产品、化妆品、建筑材料、涂料、电子电气产品中有毒有害物质检测和保健食品注册检验及型式检验，特别在食品中农兽药残留、二噁英、转基因、微生物及毒素、食品辐照以及婴幼儿配方乳粉的全项检测等方面在国际国内同行中领先。在应对多次食品安全突发事件，如三聚氰胺、激素门、毒胶囊、白酒塑化剂、地沟油、输港河蟹产品二噁英超标等事件中，中心依靠强大的技术研发能力以及公平、公正的原则赢得良好的信誉。