真菌毒素是真菌在食品或饲料里生长所产生的代谢产物，对人类和动物都有害。

真菌毒素造成中毒的最早记载是11世纪欧洲的麦角中毒，这种中毒的临床症状曾在中世纪的圣像画中描述过。由于麦角菌的菌核中会形成有毒的生物碱，所以这种疾病至今仍称为麦角中毒。

急性麦角中毒的症状是产生幻觉和肌肉痉挛，进而发展为四肢动脉的持续性变窄而发生坏死。真菌毒素对人和动物都有极大危害。防止真菌毒素病害，首先要防止食物和饲料霉变。真菌为喜好氧气的微生物，在厌氧条件下几乎不能生长。谷物贮存使用的抽真空或充氮气等方法都是有效的措施。由于这些方法昂贵并不适合于农民使用。如果谷物贮存时及时通风也能防止霉菌的生长和产毒。因为通风可以带走谷物中的水分并降低温度。干燥、低温、厌氧是防止霉变的主要措施。其中以保持干燥最为重要。

目前，关于食品真菌毒素限量的标准主要有：GB 2761-2017 食品安全国家标准 食品中真菌毒素限量。