大肠菌群主要包括肠杆菌科中的埃希氏菌属、柠檬酸杆菌属、克雷伯氏菌属和肠杆菌属。大肠菌群都是直接或间接地来自人和温血动物的粪便。食品中检出大肠菌群表示食品受人或温血动物的粪便污染，其中典型大肠杆菌为粪便近期污染，其他菌属则可能为粪便的陈旧污染。大肠菌群数的高低，表明了粪便污染的程度，也反映了对人体健康危害性的大小。